با عنايت به بند 2 سند چشم‌انداز بيست ساله كشور (دستيابی به دانش پيشرفته، توانا در توليد علم و فناوی، متكي به سهم برتر منابع انسانی و سرمايه اجتماعی در توليد ملي) و به منظور تحقق بخشي از وظايف پژوهشی كشور در بخش صنعت آب و آبفا، پژوهشكده آب و آبفا (از ساختارهاي نوع تقاضامحور مصوب وزارت علوم، تحقيقات و فناوری)، مشترك بين شركت‌هاي آب و فاضلاب استان اصفهان، آب منطقه‌اي اصفهان، آب فاضلاب روستايي استان اصفهان و اداره کل حفاظت محیط زیست استان اصفهان (دستگاه‌ها) و دانشگاه صنعتي اصفهان در سال 1391هيأت امناي دانشگاه تأسيس شد. اركان پژوهشكده هيأت امناء، هيأت مديره و رئيس پژوهشكده میباشند. هيأت امناء پژوهشكده تركيبی از رئیس دانشگاه و مديران عامل دستگاه‌ها میباشند. كارگروه‌هاي تخصصي پژوهشكده شامل كارگروه تخصصي آب، كارگروه تخصصي فاضلاب و كارگروه تخصصي مديريت و بهره‌وري نيروي انساني، به عنوان بازوهاي اصلي هيأت مديره پژوهشكده فعاليت مي‌كنند.
